O combustível utilizado na planta-piloto da Berwag é o gas natural, composto por metano em 90%. Esse gás passa por um processo chamado reforma, no qual se extrai o hidrogênio. Mas como o gás natural contém certa percentagem de impurezas, principalmente enxofre, utilizam-se catalisadores para remover essas sujeiras. O engenheiro Martin Pokojski garante que essa sujeira não interfere no processo como um todo, ou seja, não são gerados resíduos em função da remoção do enxofre. De acordo com ele, o uso do metano como fonte de hidrogênio produz monóxido de carbono (CO), que precisa ser transformado em dióxido de carbono (CO2), evitando-se, assim, a degradação do eletrodo de platina. A combinação da geração de calor e eletricidade, co-geração ou CHP, na linguagem dos engenheiros, permite que a célula de combustível tenha uma eficiência próxima a 80%. Uma das grandes vantagens da célula de hidrogênio em comparação com outros tipos de combustíveis, especialmente os fósseis, é que ela é eficiente mesmo em plantas de pequena capacidade produtiva e tem uma grande estabilidade em termos de manutenção dessa eficiência, mantendo um nível de operação constante mesmo quando em carga reduzida pela metade, o que não acontece, por exemplo, com combustíveis como a gasolina ou o óleo diesel. Além do gas natural, é possível utilizar qualquer outra substância que contenha hidrogênio para mover a célula de combustível. Até mesmo a água pode ser usada, mas, de acordo com Pokojski, apesar de ela proporcionar 80% de eficiência, exige um processo muito caro, com um gasto energético que equivale a 40% da energia gerada. No Brasil, as primeiras experiências com o uso de célula de combustível estão em andamento desde 1999. A aplicação está sendo feita em ônibus urbanos, em São Paulo, e a fonte de hidrogênio são hidrocarbonetos como gasolina. Pode-se também usar o álcool, mas, segundo os especialistas, o gás natural ainda é a melhor opção devido a natureza dos subprodutos a serem tratados a partir do processamento.