Os ecossistemas aquáticos são os mais atingidos pelas modificações no ambiente natural ao longo da história, principalmente as águas correntes superficiais: dos grandes rios aos pequenos ribeirões. Embora o monitoramento tradicional utilize variáveis físicas e químicas (como temperatura, pH, oxigênio dissolvido, etc.), é cada vez mais aceito que os melhores métodos para avaliar o grau de deterioração dos cursos dágua são os que se baseiam nas respostas das comunidades biológicas às alterações do ambiente. Contudo, a legislação brasileira que trata da questão da qualidade dos ecossistemas tropicais não faz referência à necessidade de considerar os componentes biológicos entre os critérios de avaliação. Os bioindicadores da qualidade de um ecossistema são espécies ou grupo de espécies com necessidades ambientais conhecidas, que respondem a alterações no hábitat com mudanças em sua abundância, morfologia, fisiologia ou comportamento. Outras características de bons bioindicadores de qualidade ambiental são a fácil identificação da espécie, a distribuição cosmopolita, a abundância numérica, o grande tamanho corporal, o ciclo de vida longo, a mobilidade limitada e a disponibilidade de uso em laboratório. Entre os variados organismos aquáticos, os que apresentam o maior número dessas características são os macroinvertebrados bentônicos, ou seja, organismos que vivem enterrados na areia e na lama, presos à superfícies de rochas, sobre o sedimento orgânico do fundo ou escondidos nos espaços existentes entre seixos e pedras. Estes organismos vêm sendo utilizados para indicar o estado de limpeza ou degradação de um corpo dágua desde o início do século 20. Em geral, são considerados ambientes de boa qualidade de água aqueles que apresentam grande variedade de organismos, com abundância bem equilibrada entre as espécies, o que significa alta diversidade. Ambientes com pouca influência de atividades humanas têm organismos com os mais diversos tipos de vida (sedentários, nadadores, minadores de plantas aquáticas, etc.) e variadas formas de alimentação. (Ciência Hoje/72)