O risco de contaminação do Aqüífero Guarani em Mato Grosso do Sul está sendo objeto de estudo de uma dissertação de mestrado. A geógrafa Simone Borba, autora da pesquisa, está há um ano mapeando áreas de recarga do aqüífero, e analisando a vulnerabilidade destes pontos. A área de recarga é o local em que a água das chuvas consegue entrar no solo e chegar até o aqüífero. O processo demora milhares de anos. A pesquisadora descobriu que existe potencial de risco de contaminação da reserva subterrânea de água doce em vários municípios de MS. Nestes locais, não existe a Formação Serra Geral (o basalto) que funciona como uma camada protetora do aqüífero. Sem estaproteção, a água contaminada por agrotóxicos, esgoto sem tratamento e outros poluentes pode estar entrando na reserva subterrânea. É através do arenito, uma formação rochosa que funciona como uma esponja, capaz de absorver água, que a contaminação pode acontecer. A preocupação da pesquisadora aumenta porque o Brasil tem característica de repor o estoque do Aqüífero Guarani enquanto que a Argentina e o Uruguai têm áreas em que as águas afloram para a superfície. Além do levantamento das áreas de recarga existentes em MS, a pesquisadora Simone Borba pretende saber quantos são os poços no Estado que utilizam água do aqüífero. Para a pesquisadora, os poços podem representar risco de contaminação pela série de manutenções que precisam ter e por estarem diretamente conectados com o aqüífero. Atividades econômicas como a suinocultura e até mesmo lixões sobre áreas de recarga são um risco para a preservação do reservatório de água doce. Mas até o momento, segundo Simone, não existem estudos que indiquem se tais atividades já estão contaminando o aqüífero. Segundo Felipe Augusto Dias, integrante da unidade estadual do projeto de uso sustentável do Aqüífero Guarani, estima-se que Mato Grosso do Sul tenha mais de 15 poços que utilizam água diretamente da reserva subterrânea. Vários municípios do interior do Estado como São Gabriel DOeste, Dourados, Sidrolândia e Ponta Porã usam da mesma água para o abastecimento da população. Em Campo Grande, capital de MS, existem pelo menos 6 poços, 5 deles são usados para a captação de água para o município e um é utilizado comercialmente para produção de água mineral.