O quadro institucional para cuidar do meio ambiente na grande maioria das cidades é frágil, com escassos órgãos exclusivamente dedicados à área, raras leis específicas sobre o tema, um pequeno e pouco qualificado conjunto de servidores para tratar do assunto e parcos recursos destinados a atacar problemas sérios como a contaminação da água, a poluição do ar e o assoreamento dos rios.

Em 2002, apenas cerca de 6% dos municípios possuíam secretarias encarregadas exclusivamente do meio ambiente. Em 26% das cidades a questão ambiental era tratada em secretarias conjuntas com outras áreas e em 36%, por organizações preexistentes, como um departamento.

Na divisão por regiões, o Sul era a que possuía o maior percentual de municípios com algum Órgão Municipal de Meio Ambiente (OMMA), fosse na forma de secretaria, departamento ou similar (82% das cidades), seguido pelo Centro-Oeste (79%), Norte (76%), Sudeste (63%) e Nordeste (60%).

Todas as cidades com mais de 500 mil habitantes possuíam algum OMMA, e 45% delas tinham secretarias exclusivas para a causa ambiental - proporção mais de seis vezes superior à média. Já entre os municípios com até 5 mil moradores, apenas 2% (1/3 da média nacional) tinham secretaria exclusiva para meio ambiente, e 49% não tinham nenhuma estrutura institucional ambiental.

Os servidores municipais para o meio ambiente representam 1,1% de todos os funcionários públicos. Cerca de 68% das cidades (3.759) disseram ter funcionários específicos para o meio ambiente, apenas 8,3 servidores em média dos quais 6,2 (75%) eram estatutários ou celetistas. Além do quadro fixo, 13% do total de municípios contratavam terceirizados na área ambiental, com destaque para o Sul (22% das cidades) e Sudeste (15%).

Somente 18% das cidades receberam recursos específicos para meio ambiente
Em 2001, apenas 18% (987) dos municípios disseram ter recebido verba destinada exclusivamente às questões ambientais. As regiões Sudeste (com 28% dos municípios) e Sul (com 24%) tinham os maiores percentuais de cidades com acesso a esses recursos e o Nordeste, o menor (6%).

Novamente o Rio de Janeiro lidera: 50% dos municípios fluminenses (46) disseram ter obtido verba ambiental específica. Em seguida vêm Paraná, 47% (188), e Amapá, 44% (7). Quanto ao tamanho dos municípios, 79% dos que têm mais de 500 mil habitantes informaram ter recebido recursos, enquanto na faixa de até 5.000 habitantes a proporção era de apenas 11%.

A estrutura institucional é crucial na hora de receber recursos ambientais. O cálculo da razão de chance 5 mostra que há uma forte relação entre o fato de o município ter recebido verba ambiental em 2001 e outros três fatores: ter implementado convênio, cooperação técnica ou parceria ambiental; manter acordo administrativo com órgão ambiental estadual e possuir legislação ambiental específica.

O ICMS Ecológico é a principal fonte de recursos ambientais: é recebido por 389 municípios (cerca de 40% dos que disseram ter recebido verba para meio ambiente). Em seguida vêm repasses federais ou estaduais, 251 (25%), convênio ou parcerias, 234 (24%) e multa ambiental, 214 (22%).

25% das cidades têm CMMA ativo e 47% pertencem a um Comitê de Bacia Hidrográfica
Em 2002, os Conselhos Municipais de Meio Ambiente (CMMAs) ainda engatinhavam no Brasil, mas os Comitês de Bacia Hidrográfica estavam num estágio mais avançado. Em 2002, 1.895 (34%) dos municípios tinham CMMA e, desses, 1.451 (só 26% do total) tinham conselho ativo.

A proporção de conselhos ativos entre os municípios com até 5 mil habitantes foi menor que a média (16%), enquanto entre os com mais de 500 mil moradores, foi de 73%. Rio Grande do Sul, Minas Gerais e Goiás destacaram-se: cerca de 40% de seus municípios possuíam CMMA ativo.

A participação das cidades em Comitês de Bacia Hidrográfica, por sua vez, mobilizava 47% ou 2.604 delas, especialmente no Sudeste (82%) e Sul (50%).