Ao longo dos 505 municípios que integram a Bacia Hidrográfica do São Francisco, o problema ambiental mais destacado foi assoreamento em corpos d’água, apontado por 286 (57%) municípios. Em Minas Gerais, este problema foi assinalado por 70% dos municípios da bacia, sendo detectado em todos os municípios da calha 3 do Rio São Francisco e em muitos dos que margeiam seus afluentes. As causas mais assinaladas para isso foram: desmatamento (79%), degradação de mata ciliar (72%), erosão e/ou deslizamento de encostas (61%) e expansão da agricultura ou pecuária (48%).

Pesca foi prejudicada em 25% dos municípios da bacia do São Francisco
Segundo a MUNIC, 127 municípios da bacia declararam redução da quantidade ou da diversidade do pescado. Causas mais apontadas: pesca predatória (72%), assoreamento (59%), degradação da mata ciliar e/ou de manguezais (55%) e alteração do regime hidrológico dos rios (41%).

A Bacia do Rio São Francisco está entre as doze regiões hidrográficas instituídas pela resolução nº 32, de 15/10/ 2003, do Conselho Nacional de Recursos Hídricos. Com uma população de 13 297 955 habitantes (Censo 2000), ou pouco mais de 8% da população brasileira, ela abrange 505 municípios, ou 9% do total. Sua área de drenagem (639 219 km²) corresponde a 8% do País e espalha-se por Minas Gerais, Bahia, Pernambuco, Alagoas, Sergipe, Goiás e Distrito Federal.

Em 2002, 341 municípios (68% do total da bacia) possuíam órgão ambiental, 274 municípios (54%) tinham algum tipo de legislação ambiental e 226 municípios (45%), Conselho de Meio Ambiente.

Poluição das águas é problema para 38% dos municípios da bacia do S. Francisco
Segundo o Suplemento de Meio Ambiente, 191 municípios da Bacia do Rio São Francisco (38% do total) registraram poluição da água: 116 em Minas Gerais, 24 em Pernambuco e 31 na Bahia.

As causas mais assinaladas pelos gestores ambientais da bacia para a poluição hídrica foram: esgoto doméstico (76%), disposição inadequada de resíduos sólidos (36%) e agrotóxico ou fertilizante (34%). Em nível nacional, as causas mais apontadas entre os municípios com poluição do recurso água foram as mesmas, com percentuais de 75%, 39% e 42%, respectivamente.

Outra causa apontada com grande freqüência para a poluição das águas foi o uso de agrotóxico ou fertilizante, principalmente no oeste da Bahia, no Pólo Agroindustrial de Barreiras, englobando os municípios de Jaborandi até Barreiras, e no norte, na região de Sento Sé, Itaguaçú, Juazeiro e Curaçá, pertencentes ao Pólo Agroindustrial de Petrolina/Juazeiro.

Somente 7% dos municípios da bacia do São Francisco têm áreas protegidas
Somente 38 municípios (7% do total da bacia) têm alguma Unidade de Conservação Municipal pelo critério do Sistema Nacional de Unidades de Conservação - SNUC. Alguns possuem mais de uma Unidade de Conservação: Caetés, Datas e Florestal – em Minas Gerais – e o Distrito Federal, com nove. Somente os municípios de Minas, Bahia e Distrito Federal possuem Unidades de Conservação.