Outro tema investigado pela MUNIC 2002 - pesquisa do IBGE divulgada no dia 13/05/2005 - foi a degradação nas áreas legalmente protegidas, previstas no artigo 225 da Constituição Federal. Dentre os 1121 municípios que informaram essa degradação, 769 (69%) deram o desmatamento como a principal causa. As maiores proporções concentram-se no Nordeste e Sudeste (ambas com 31%), seguidas por Sul (19%), Centro-Oeste (10%) e Norte (9%).

A ocupação irregular de áreas frágeis foi indicada por 525 municípios (47% dos que informaram degradação). Ocupações em encostas, florestas, mangues, margem de rios e enseadas são mais comuns no Sudeste (35%) e Nordeste (25%) e, ainda, 23% no Sul, 9% no Norte e 8% no Centro-Oeste.

Dos 366 municípios que informaram alteração ambiental por deslizamento de terra, 92 (25%) também declararam ter como causa da degradação de áreas protegidas a ocupação irregular de áreas frágeis e 126 (cerca de 34,5%), o desmatamento. Já entre os 431 municípios com problema de inundação, 107 (24,8%) associaram tal ocorrência à ocupação de áreas frágeis e 128 (29,6%) ao desmatamento.