O plantio do algodão segue o zoneamento ambiental proposto pelo Ministério da Agricultura que tem como principal finalidade recomendar épocas de plantio e locais onde os riscos climáticos e de baixa produtividade são menores. O estudo leva em consideração ainda o potencial prejuízo que pode ser provocado pelo bicudo, doenças bacterianas e riscos de veranicos. Com a liberação do algodão transgênico o pesquisador da Embrapa e Fundação Centro-Oeste, Eleusio Curvelo Freire, realizou um estudo de zoneamento ambiental propondo áreas de exclusão para o plantio geneticamente modificado da cultura visando a preservação de espécies silvestres e garantindo áreas de preservação.

Pelo estudo sobre as taxas de flluxo gênico entre algodoeiros convencionais e transgênico em todo o País, o pesquisador propôs a adoção de zonas de exclusão, visando preservar as populações naturais e variedades locais de algodão presentes no Brasil. Este zoneamento seria válido para o algodão convencional e visa impedir a descaracterização genética dos materiais via fluxo gênico. As zonas em que o cultivo de algodão herbáceo seria proibido abrangem 18 estados e incluíam toda a Amazônia Legal, a Mata Atlântica desde o Rio Grande do Norte até o Espírito Santo, o Pantanal mato-grossense, regiões onde é encontrado algodão selvagem e ainda reservas indígenas e parques nacionais e estaduais. (Diário de Cuiabá 09/05)