A Honda vem investindo pesado na sustentabilidade ambiental de sua fábrica na Zona Franca de Manaus (AM). Entre as iniciativas estão o Laboratório de Medição e Análise de Gases, único da América do Sul, inaugurado em 2001 com um investimento de US$ 3 milhões, que verifica por amostragem se as motocicletas estão sendo produzidas dentro dos limites de emissão de poluentes estabelecidos pela legislação, e a Estação de Tratamento de Efluentes, com área de 250 m² e capacidade para tratar 1.500 m³ de efluentes industriais e biológicos por dia.

A empresa mantém ainda o Projeto Agrícola em uma área de 10 milhões de metros quadrados, que visa o plantio de árvores frutíferas e espécies ameaçadas de extinção, no qual a empresa investiu R$ 2 milhões desde 1999, além de uma fábrica de embalagens metálicas recicláveis, que ajudou a eliminar gradativamente 90% do papelão utilizado com esse fim. Incluindo o aprimoramento de seus processos, entre outras ações, a Honda da Amazônia investiu US$ 31 milhões em ações voltadas à ecologia.