A multinacional Monsanto solicitou abertura de inquérito policial e o indiciamento de Célio Rodrigues e Roberto Baggio (MST), Darci Frigo (Terra de Direitos), Joaquim Eduardo Madruga (Setorial Agrário do Partido dos Trabalhadores) e José Maria Tardin (AS-PTA), em razão de serem membros de organizações que compõem a Jornada de Agroecologia. A Jornada de Agroecologia é uma articulação de 26 organizações com objetivo de discutir um modelo de desenvolvimento agrícola centrado na inclusão e valorização da pessoa humana, na democratização da terra, na garantia de soberania alimentar, no fortalecimento da agricultura familiar e nas formas solidárias e cooperadas de produzir. Estas organizações realizam anualmente um encontro de agricultores para discutir suas propostas. Ao final do 2º Encontro da Jornada de Agroecologia, que teve como lema central Terra Livre de Transgênicos e sem Agrotóxicos, os 4.000 agricultores participantes do evento decidiram realizar uma manifestação em frente a uma Fazenda Experimental da empresa Monsanto, localizada em Ponta Grossa, onde eram cultivados experimentos com soja e milho transgênicos.
Durante o protesto, os manifestantes, observando que havia milho transgênico ainda plantado, entraram na Fazenda e destruíram a plantação transgênica. Poucos dias após a manifestação, um grupo de agricultores familiares e trabalhadores rurais sem terra, ocuparam a propriedade e decidiu criar ali, um Centro de Agroecologia, que passou a ser chamado de Centro Chico Mendes de Agroecologia em homenagem a um dos mais corajosos defensores da Biodiversidade Brasileira. Percebendo que havia várias irregularidades ambientais e de biossegurança nos experimentos da empresa Monsanto, as organizações que compõem a Jornada de Agroecologia solicitaram às autoridades que realizassem vistoria técnica no Campo de Experimentos da Monsanto. Estiveram na propriedade equipes da Comissão Técnica Nacional de Biossegurança (CTNBio), da Secretaria Estadual da Agricultura e Abastecimento (SEAB-PR) e do Ministério Público do Estado do Paraná. As desconfianças dos agricultores se confirmaram. Dentre as várias irregularidades apontadas pela vistoria técnica da Secretaria de Agricultura do Estado do Paraná, destacaram-se a inexistência de mata ciliar e a contaminação do solo por agrotóxicos, inclusive na área que deveria ser de preservação permanente. Muitos dos campos experimentais da Monsanto no Brasil serviram para multiplicar sementes para fins comerciais, sem autorização do governo, para ajudar a criar a política do fato consumado e impor ao agricultor e consumidor brasileiro o uso e consumo das sementes transgênicas. As organizações que compõem a Jornada de Agroecologia passaram, então, a apoiar os agricultores, com objetivo de recuperar a área degradada pela Monsanto.
Foi elaborado um projeto para pedir ao Governo Estadual a desapropriação da área e os agricultores deram início ao plantio de variedades crioulas de sementes, por meio de mutirões, com o objetivo de conservar a diversidade de sementes, patrimônio de todos os agricultores. A Monsanto reagiu à iniciativa com um processo de criminalização e difamação contra as organizações da Jornada de Agroecologia. As organizações estão sendo acusadas de esbulho possessório, dano e furto. Em sua estratégia de criminalização, a Monsanto, mesmo sabendo que a manifestação havia sido realizada por mais de 4.000 pessoas, e que esta manifestação não teve relação com a ocupação de seu Campo de Experimentos Transgênicos, tenta responsabilizar cinco membros de organizações que compõem a Jornada de Agroecologia. Na verdade, a empresa Monsanto é a verdadeira violadora dos Direitos Humanos dos Povos, pois além de, em nome de seus lucros, desenvolver uma tecnologia que possibilita o controle da biodiversidade e a supressão da soberania alimentar, ainda cometia diversas infrações ambientais na área em que realizava seus experimentos transgênicos, deixando clara sua falta de respeito pelo ambiente brasileiro.
Por estes motivos e ainda por ser responsável pela disseminação ilegal de sementes transgênicas no Brasil, a Monsanto foi condenada publicamente no Tribunal Internacional Popular sobre os Transgênicos, realizado no dia 11 de março de 2004, em Porto Alegre.