Grande número de estudos envolvendo resistência a fungos também tem sido desenvolvido. Embora ainda não haja plantas com essa característica sendo comercializadas, já existem variedades em pré-melhoramento. Várias abordagens têm sido propostas para obter resistência a pragas nos sistemas agrícolas. Até o momento, a utilização do gene Bt (Cry) tem sido a estratégia mais eficiente e amplamente usada no mercado. Três espécies de plantas geneticamente modificadas vêm sendo comercialmente cultivadas contendo genes Bt: milho, algodão e batata. No entanto, genes Bt têm sido introduzidos e avaliados em um grande número de espécies, como soja, maçã, arroz, álamo, alfafa, cana-de-açúcar, uva e tomate. Na EMBRAPA, genes Bt têm sido isolados e caracterizados. Outros genes e estratégias em análise buscam obter feijão resistente a carunchos e café resistente a brocas. (Ciência Hoje 203)