No entanto, devido ao crescimento populacional e, conseqüente aumento de despejos agrícolas e industriais e de esgotos domésticos nas águas, os corpos dágua têm se tornado cada vez mais ricos em nutrientes, especialmente fósforo e nitrogênio que são os pratos prediletos das cianobactérias, e propícios à multiplicação excessiva destes organismos. A fonte principal desses nutrientes é o esgoto doméstico, lançado diretamente nas águas. Nestes ambientes, as cianobactérias encontram condições favoráveis para seu desenvolvimento, então uma determinada espécie se torna dominante em relação às demais, formando as florações das águas. Este fenômeno, normalmente causa inconvenientes sanitários, transformando a água de cristalina para esverdeada, amarelada ou avermelhada, conferindo odor e sabor às mesmas. Muitas espécies de cianobactérias formadoras de florações são potencialmente toxinas, podendo produzir hepatotoxinas (microcistina) ou neurotoxinas. Além disso, exalam um acentuado cheiro semelhante a um inseticida clorado (pó-de-gafanhoto ou terra).