Uma das preocupações a respeito de alimentos geneticamente alterados é quanto ao potencial deles de transferirem material genético (por exemplo, genes resistentes a antibióticos) para células de organismos que os consumirem, como as bactérias dos intestinos. Estudos a respeito de transferência de genes de plantas para organismos vivos geralmente têm mostrado que a maioria do DNA é destruído já no início da digestão, sendo muito pouco encontrado nas fezes de animais. Foi também realizado um estudo semelhante em sete pessoas voluntárias que se submeteram a ileostomia, um procedimento em que a última seção do intestino delgado é removida e o conteúdo do mesmo é transferido para uma espécie de sacola de cólon. Após um café da manhã com produtos à base de soja transgênica, foram medidos os níveis de síntese de um herbicida resistente a transgênicos, o 5-enolpiruvilesquimato-3-fosfato), sendo encontrado apenas 3,7% da quantidade inicial consumida no sistema digestivo de um dos indivíduos, e ainda menos nas seis outras pessoas. Numa triagem de pessoas com trato gastrointestinal intacto, que se submeteram à mesma dieta, não foi detectado qualquer traço de substância transgênica nas fezes, o que sugere que a flora intestinal se encarrega de degradar tais substâncias. (Nature Biotechnol)