No debate da comissão especial, o presidente da Frente Parlamentar da Biossegurança, deputado João Alfredo (PT-CE), também fez críticas ao substitutivo elaborado por Aldo Rebelo. Ele condenou especialmente a transferência, do Ministério do Meio Ambiente para a Comissão Técnica Nacional de Biossegurança (CTNBio), do processo de licenciamento ambiental de produtos transgênicos. O substitutivo transfere ainda para a CTNBio a atribuição de identificar os riscos dos produtos geneticamente modificados para a saúde pública. Com isso, segundo João Alfredo, o Ministério do Meio Ambiente passa a ter mera função fiscalizadora.