O projeto prevê que os recursos financeiros para a implementação do Programa serão de responsabilidade do Ministério do Meio Ambiente, por meio da criação de um Fundo Nacional de Revitalização Ambiental dos Rios e Lagos do Brasil. O Fundo será formado com os valores de multas de indenização por danos causados ao meio ambiente, dotações orçamentárias e doações de pessoas físicas ou jurídicas. A proposta também institui o Conselho Consultivo e de Acompanhamento do Fundo Nacional, órgão com as atribuições de opinar sobre as políticas, diretrizes e prioridades do Fundo e acompanhar a aplicação dos seus recursos.