Além dos impactos no setor econômico, os técnicos da Agência Nacional de Águas (ANA) apontaram prejuízos ambientais com a desativação da hidrovia Tietê-Paraná, como mudanças nos ecossistemas marginais, probabilidade de menos oxigênio na água remanescente, rebaixamento do lençol freático, deterioração da qualidade da água pela exposição dos galhos submersos e a transformação do canal Pereira Barreto em braço morto, com água estagnada e sem aeração, durante a divulgação do relatório sobre . (OESP, 19/07)