Vera Calegaro, representante da Secretaria Estadual do Meio Ambiente afirma que o órgão não é contra nem a favor dos OGMs, apenas defende o controle e a pesquisa de órgãos competentes, que analisem os efeitos desses organismos na saúde e no meio ambiente. Um grupo de trabalho, criado pela secretaria, detectou alguns riscos surgidos com o uso de transgênicos como o impedimento da polinização de espécies nativas, insetos resistentes a toxina de algodão e surgimento de super ervas daninhas de difícil erradicação, já detectadas em outros países. Para Kátia Lipp, da Fepam, o principal motivo de preocupação é a troca de material genético entre plantas transgênicas e nativas.