O armazenamento de hidrogênio também é bastante difícil. As principais técnicas são guardar em tanques com enorme pressão ou resfriar a 253ºC negativos para que ele se torne líquido. Outra alternativa é combiná-lo a pequenas peças de metal, que depois seriam aquecidas e liberariam o gás. Qualquer que seja a solução, é preciso gastar energia extra para deixá-lo parado, o que aumenta o custo e diminui a eficiência. Há também uma preocupação de que estes tanques pressurizados possam explodir facilmente, mas nada indica que o perigo trazido pelo hidrogênio seja maior que os outros combustíveis. (Superinteressante/52, março 2003)