A soja transgênica proveniente do plantio ilegal no país não deve ser comercializada, segundo a entidade ambientalista Núcleo Amigos da Terra / Brasil, uma vez que isto seria uma forma de incentivar a impunidade e as ações ilegais, contrarias à sentença judicial de 26 de junho de 2000, da 6ª Vara Federal de Brasília. A Ong acredita que é dever do governo federal criar mecanismos para minimizar os prejuízos da perda da produção e, principalmente, fiscalizar e fazer cumprir a sentença judicial. Além disso, os governos devem orientar os produtores rurais para as próximas safras e seguir na construção de um Brasil livre de transgênicos. Conforme o núcleo, deve-se exigir também a responsabilização das corporações transnacionais que produzem e comercializam os produtos geneticamente modificados e que seguem realizando propaganda massiva e enganosa, mesmo nos países onde estes produtos são proibidos.