A polêmica envolvendo o Ministério Público Federal (MPF) e o juiz Zenildo Bodnar começou antes do início das prisões, dia 3 de maio. O motivo foi a divergência sobre o rol de suspeitos que deveriam ser levados à carceragem da Polícia Federal.
Após passar nove meses gravando conversas telefônicas dos acusados, a delegada Julia Vergara decidiu que havia indícios suficientes para que 22 tivessem a prisão temporária decretada. Quando encaminhou o relatório para o MPF, houve a primeira discordância forte.
Para o procurador que cuidava do caso, a medida de exceção deveria ser aplicada só a 14 suspeitos. O juiz rejeitou a opinião do MPF e ordenou todas as detenções requisitadas pela polícia, o que foi feito. Outro fato que aumentou o mal-estar entre as três forças públicas foi quando, a pedido da delegada, Bodnar autorizou o monitoramento telefônico do ex-vereador Marcílio Ávila.
A situação ficou crítica quando Bodnar recebeu pedido de "suspeição" formulado pelos advogados do empresário Paulo Cezar Maciel da Silva, um dos citados pela PF, contra o chefe do MPF, Walmor Alves Moreira.
Houve dois pedidos de afastamento de Bodnar: um, que questionava a imparcialidade do magistrado, foi rejeitado pelo TRF-4, em Porto Alegre; o outro discute a competência (Bodnar é substituto, e, para os procuradores, o caso deve ser com o titular.
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Diário Catarinense, 14/10/2007)