O Tribunal de Contas da União, depois de analisar diversos projetos agropecuários, concluiu que a União incentivou o desmatamento da Amazônia. Segundo relatório do TCU, nos últimos anos, o governo federal se preocupou com o aumento do desenvolvimento regional e a geração de emprego e renda na Amazônia e no Nordeste, mas não evitou a devastação ambiental das duas regiões. Os projetos agropecuários analisados pelo TCU foram financiados com dinheiro público. Na avaliação do tribunal, a União é responsável indireta pela especulação fundiária e pelo desmatamento, principalmente no Norte do país. Os projetos agropecuários financiados pelas extintas Superintendência do Desenvolvimento da Amazônia (Sudam) e do Nordeste (Sudene) - hoje transformadas em agências de desenvolvimento - criaram grandes fronteiras agrícolas. Para o ministro do TCU, Adylson Motta, houve um forte processo de especulação fundiária na região, no qual os novos empreendimentos, a maioria desprovida de incentivos fiscais concedidos pelo governo, promoveram grandes desmatamentos de forma a potencializar seus ganhos financeiros com a venda da madeira.