A dimensão dos atos da Operação Moeda Verde tem originado muito mais que suspeitas ou informações dos supostos danos ao meio ambiente. No desenrolar da movimentação, que ainda nem chegou oficialmente à fase processual, ficam evidentes conflitos institucionais nas esferas federal e estadual e seus representantes.
 
O mais recente capítulo mostrou reações que deixaram em lados opostos o Ministério Público Federal (MPF) e o Ministério Público Estadual (MPE).

O mal-estar ainda não alcançou os tribunais, ao contrário do embate que envolve o juiz da Vara Federal Ambiental, Zenildo Bodnar, e o procurador-chefe do MPF em SC, Walmor Moreira – o magistrado acolheu pedido de afastamento contra Walmor e o impediu de assinar sozinho atos da Moeda Verde.

O impasse entre MPF e MPE se iniciou quando Zenildo Bodnar autorizou, dia 6 de julho, o envio de cópias da investigação da ação da Polícia Federal aos promotores estaduais. A documentação trazia a suspeita sobre suposta improbidade administrativa do prefeito de Florianópolis, Dário Berger (PSDB). O juiz entendeu que essa investigação caberia ao MPE. Os procuradores do MPF tentaram sustar o ato no Tribunal Regional Federal da 4ª Região (TRF4), em Porto Alegre, sem sucesso.

No recurso, constam argumentações de que seria de competência dos procuradores federais investigar a improbidade e que não havia sido discriminado quais membros da promotoria estadual receberiam os documentos. O MPF chegou a citar a possibilidade de que, dessa forma, pessoas com laços de parentesco dos investigados poderiam ter acesso ao conteúdo sigiloso. Os procuradores ainda sugerem que estaria por trás um interesse de retirar a investigação da esfera federal.
(Por Diogo Vargas, A Notícia, 14/07/2007)